Il 1 agosto 1960 iniziarono i lavori di ricostruzione del nuovo organo elettrico della ditta Giustozzi di Foligno. Finanziato in parte dal Genio Civile, le restanti spese furono sostenute dalle offerte della popolazione di Bagnaia. In tutto furono spese L. 1.000.000. La soletta si sostegno al sommiere dell’organo, posto nell’abside, al di sopra della porta d’ingresso in sacrestia, fu donata dall’impresa edile F.lli Castellini di Bagnaia. Fu benedetto dall’Arcivescovo di Perugia Mons. Raffaele Baratta il 28 agosto dello stesso anno ed inaugurato per la festa a Gesù Crocifisso, posposta appositamente in tale data. Per la circostanza fu eseguita, a tre voci, la Messa “in Honorem Beati Caroli” del Perosi, cantata dalla schola cantorum del seminario di Perugia, diretta dal maestro Don Pietro Squartini.