La notte del 13 febbraio 1958, alle 22:30, si spezzava uno dei due travi (infradiciatosi forse per un’infiltrazione d’acqua piovana, mai avvertita), che formava la raggera di sostegno al tetto della chiesa sopra l’abside, schiantandosi lungo il muro esterno. Il trave, cadendo proprio nella parte più bassa della volta, la sollevava, demolendola. Crollò distruggendo il sottostante altare maggiore in terracotta, colpendo gravemente l’orchestra e lo stesso organo: fu il fragore e l’effetto di un bombardamento. Un vero disastro.
Il parroco Don Adriano Fressoia, dopo lunghe peripezie, riuscì ad interessare il Genio Civile di Perugia che stanziò la somma di Lire 2.000.000 per la ricostruzione: di cui L. 1.300.000 per la volta e il tetto della chiesa e L. 700.000 per l’organo. I lavori, eseguiti nei mesi di aprile e maggio del 1959, furono appaltati dal Genio Civile alla ditta F.lli Castellini di Bagnaia.
Doveva esser ricostruito anche l’altare. Fu incaricato del disegno l’architetto Gina Baldracchini di Perugia. Fu ricostruito in marmo botticino di Vicenza e dato in lavorazione alle Industrie di Marmi Vicentini. Fu montato per intero da Ilvano Castellini di Bagnaia. L’interno del tabernacolo fu rivestito in ottone dorato a fuoco, mentre la porticina fu fatta in argento, laminata d’oro, su disegno della stessa Gina Baldracchini, sul davanti riporta, in bassorilievo, la figura del Cristo. La lavorazione del tutto fu affidata alla ditta Pagliai di Firenze. La spesa dell’altare ammontò a oltre L. 700.000, sostenuta in gran parte dalla popolazione di Bagnaia. Il nuovo altare fu impiantato circa cm. 40 in avanti, rispetto a quello precedente, per dare possibilità di sistemare, sul dietro, la consolle del nuovo organo. Lo stesso presbiterio a tale scopo fu prolungato in avanti di circa cm. 30. Fu demolito anche il pulpito che, dopo la scomparsa dell’orchestra, non faceva più simmetria e anche perché, dopo l’avvento degli altoparlanti, non era più adoperato. La statua di S. Andrea Apostolo, che prima era posta in una nicchia sul dietro dell’abside, fu collocata dove si trova attualmente, sostenuta da un artistico supporto di legno, appositamente disegnato dalla Baldracchini ed eseguito da Decio Castellini, venne pure levigato il pavimento in mattoni dell’interno della chiesa.
Il 24 maggio Mons. Pietro Parente, Arcivescovo di Perugia, consacrò il nuovo altare di fronte ad un numerosissimo popolo amministrando pure il sacramento della Cresima. Il giorno seguente, 25 maggio, celebrandosi l’annuale festa a Gesù Crocifisso, l’altare fu officiato per la prima volta con la S. Messa dell’Arciprete della Cattedrale di Perugia, Mons. Fabio Italiani.