Per lungo tempo la chiesa fu contesa tra il vicino Monastero olivetano di Montemorcino e l’abbazia di Pomposa e soltanto con una bolla di Pio II, della metà del sec. XV, fu approvata l’unificazione a Montemorcino, con l’obbligo, però, di pagare un canone a Pomposa.
Anche nel 1463 questa chiesa di S. Andrea di Bagnaia, come soggetta al Priorato di S. Maria del Castello di S. Mariano, fu visitata da D. Bartolo, Vicario della Pomposa.
Nell’anno 1500 formò questa chiesa il catasto particolare dei suoi terreni nel libro intitolato: Civium Rusticorum, Ecclesiarum et Hospitalium P.B. fol. 110 (A. Mariotti – Territorio di Perugia – Porta Eburnea).